Genômica estrutural

Carga horária: 64 horas – 4 créditos

Objetivos: A disciplina tem por objetivo apresentar de forma crítica os conceitos e análises fundamentais das ciências genômicas: análises de sequências de DNA, de variabilidade nucleotídica e de expressão gênica. Capacitar os alunos a utilizarem, em suas pesquisas, diversas ferramentas genômicas disponíveis na internet.

Ementa: Serão abordados os seguintes tópicos: Estrutura e organização de genomas (procariotos e eucariotos); Novas e antigas metodologias de sequenciamento genômico; Estratégias e ferramentas para a montagem (“assembly”) de genomas; Estratégias e ferramentas para a anotação gênica dos genomas; Análise da diversidade nucleotídica em nível genômico; Ferramentas e análises de expressão gênica em nível genômico; Estratégias de genômica integrativa.

Bibliografia:

Alberts B., Johnson A., Lewis J., Raff M., Roberts K., Walter P. (2004). Biologia Molecular da Célula. 4^a ed. Editora Artmed, Porto Alegre, RS. 1463 p.

Alonso, J. M. & Ecker, J. R. (2006) Moving forward in reverse: genetic technologies to enable genome-wide phenomic screens in Arabidopsis. Nat Rev Genet, 7, 7, 524-36.

Bentley, D. R., Balasubramanian, S., Swerdlow, H. P. et. al. (2008) Accurate whole human genome sequencing using reversible terminator chemistry, Nature, 456, 7218, 53-9.

Gibson G., Muse S.V. (2010) A primer of genome science. 3^a ed. Sinauer Associates Inc., Sunderland, MA. 370 p.

Lewin B. (2009) Genes IX. Editora Artmed, Porto Alegre, RS. 912 p.

Margulies, M., Egholm, M., Altman, W. E. et al. (2005) Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors Nature, 437, 7057, 376-80.

Metzker, M. L. (2010) Sequencing technologies - the next generation. Nat Rev Genet, 11, 1, 31-46.

Nelson D.L., Lehninger A.L., Cox M.M. (2008) Lehninger: princípios de bioquímica. 5a Ed. 1158 p.