Interação Proteína-Proteína (IPP): Abordagens Experimental e Bioinformática

DISCIPLINA: Interação Proteína-Proteína (IPP): Abordagens Experimental e Bioinformática

COORDENADORES: Dra. Maristela Pereira

CARGA HORÁRIA: 64 horas

Nº DE CRÉDITOS: 4

Período de realização: 20 a 29 de agosto de 2018

Número máximo de alunos:

EMENTA

Objetivos

• fornecer uma visão geral de diferentes bancos de dados de proteínas
• pesquisar bancos de dados de sequências proteicas através do Blast
• executar múltiplos alinhamentos de sequências
• buscar por motivos e padrões dentro de seqüências de proteínas
• identificar interações proteína-proteína para uma proteína de interesse
• explorar a estrutura 3D de uma proteína usando PyMOL
• apresentar e discutir a aplicabilidade das técnicas de identificação de IPPs

 

Conteúdo Programático

NCBI/Blast I

• sequências similares
• inferir homologia
• preditor da função gênica ou proteica

 

NCBI/Blast II e genômica comparativa

• Blast: BlastP, PSI-Blast e Translated Blast

Alinhamentos de Sequências Múltiplas

• Clustal
• MEGA
• DiAlign
• MAFFT
• identificação de regiões conservadas

 

Motivos Proteicos

• exploração de regiões conservadas
• atribuir função a seqüências sem homólogos nas bases de dados
• descrever as regiões conservadas a partir de expressões regulares simples
• identificar modelos ocultos de Markov (HMMs)

 

Interações proteína-proteína

• determinar PPIs e suas vantagens e desvantagens
• ferramentas e bancos de dados para examinar os parceiros de interação
• Gene Ontology (GO)

 

Estrutura Proteica

• PDB
• VAST
• PyMOL

 

Técnicas experimentais e Ontologia na Identificação de Vias Moleculares

• Cromatografia de afinidade
• BN-PAGE
• co-imunoprecipitação
• Sulfo-BED

 

Apresentação de seminários

 

Referências Bibliográficas

 

• New Approaches of Protein Function Prediction from Protein Interaction Networks. Jingyu Hou. 1° edição, 2017.
• Protein-Protein Interactions. Methods and Applications. Meyerkord, Cheryl L., Fu, Haian. 2015
• Protein Modules and Protein-Protein Interactions. Joël Janin. 1° edição, 2002.
• Artigos relacionados ao tema.