Tópicos Especiais em Biologia Molecular: Genômica de Recursos Genéticos (32 horas - 2 créditos
Disciplina: Tópicos Especiais em Biologia Molecular: Genômica de Recursos Genéticos
COORDENADOR: Rosana Pereira Vianello e Claudio Brondani
Créditos: 2
CARGA HORÁRIA: 30 horas, em regime de dedicação integral
Nº DE CRÉDITOS: 2
Período: 21 a 24 de novembro de 2017
Disciplina obrigatória: Não
Periodicidade: Anos ímpares
Número de vagas: 12 (distribuídas quatro vagas para a PPGCB; quatro para PGMP e quatro para PGBM)
Ementa
Esta disciplina tem como ênfase a análise da variabilidade genética recursos genéticos vegetais, a partir de dados de genotipagem de alta resolução obtidos por sequenciamento de nova geração, oriundos do genoma e transcriptoma (RNA-seq). Os marcadores SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) resultantes do sequenciamento serão utilizados na determinação de uma série de parâmetros genéticos, bem como a identificação de genes e suas variantes intra-gênicas (Capture-seq). Além disso, juntamente com os dados de caracterização fenotípica, os SNPs serão utilizados em análises de mapeamento associativo. Ao final, será apresentada a abordagem de seleção genômica aplicada ao melhoramento populacional.
OBJETIVO GERAL: Apresentar e discutir o uso de técnicas de análise genômica e transcritômica vegetal e estratégias de análise de associação e seleção genômica ampla. Ao final do curso, espera-se que o aluno esteja familiarizado com os princípios, métodos e abordagens de estudo apresentadas para aplicação prática no melhoramento vegetal.
Bibliografia
Baxevanis, A.D.; Ouellette, B.F. Bioinformatics: A practical guide to the analysis of genes and proteins, 3rd Edition. John Wiley & Sons, 2011.
Han, B.; Huang, X. Sequencing-based genome-wide association study in rice. Current Opinion in Plant Biology, 16:133-138, 2013.
Lewin, B. Genes IX. Jones and Bartlett Publishers, 2007.
Lu, T.; Lu, G., Fan, D. et al. Function annotation of the rice transcriptome at single-nucleotide resolution by RNA-seq. Genome Research, 20:1238-1249, 2013.
Neves, L.G.; Davis, J.M.; Barbazuk, W.B.; Kirst, M. A high-density gene map of loblolly pine (Pinus taeda L.) based on exome sequence capture genotyping. G3, v. 10, n. 4, p. 29 – 37, 2014.
Desta ZA, Ortiz R (2014) Genomic selection: genome-wide prediction in plant improvement (review). CellPress 19: 592-601