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Interação Proteína-Proteína (IPP): Abordagens Experimental e Bioinformática

DISCIPLINA: Interação Proteína-Proteína (IPP): Abordagens Experimental e Bioinformática

COORDENADORES: Dra. Maristela Pereira

CARGA HORÁRIA: 64 horas

Nº DE CRÉDITOS: 4

Período de realização: 20 a 29 de agosto de 2018

Número máximo de alunos:

EMENTA

Objetivos

  • fornecer uma visão geral de diferentes bancos de dados de proteínas
  • pesquisar bancos de dados de sequências proteicas através do Blast
  • executar múltiplos alinhamentos de sequências
  • buscar por motivos e padrões dentro de seqüências de proteínas
  • identificar interações proteína-proteína para uma proteína de interesse
  • explorar a estrutura 3D de uma proteína usando PyMOL
  • apresentar e discutir a aplicabilidade das técnicas de identificação de IPPs

 

Conteúdo Programático

NCBI/Blast I

  • sequências similares
  • inferir homologia
  • preditor da função gênica ou proteica

 

NCBI/Blast II e genômica comparativa

  • Blast: BlastP, PSI-Blast e Translated Blast

Alinhamentos de Sequências Múltiplas

  • Clustal
  • MEGA
  • DiAlign
  • MAFFT
  • identificação de regiões conservadas

 

Motivos Proteicos

  • exploração de regiões conservadas
  • atribuir função a seqüências sem homólogos nas bases de dados
  • descrever as regiões conservadas a partir de expressões regulares simples
  • identificar modelos ocultos de Markov (HMMs)

 

Interações proteína-proteína

  • determinar PPIs e suas vantagens e desvantagens
  • ferramentas e bancos de dados para examinar os parceiros de interação
  • Gene Ontology (GO)

 

Estrutura Proteica

  • PDB
  • VAST
  • PyMOL

 

Técnicas experimentais e Ontologia na Identificação de Vias Moleculares

  • Cromatografia de afinidade
  • BN-PAGE
  • co-imunoprecipitação
  • Sulfo-BED

 

Apresentação de seminários

 

Referências Bibliográficas

 

  • New Approaches of Protein Function Prediction from Protein Interaction Networks. Jingyu Hou. 1° edição, 2017.
  • Protein-Protein Interactions. Methods and Applications. Meyerkord, Cheryl L., Fu, Haian. 2015
  • Protein Modules and Protein-Protein Interactions. Joël Janin. 1° edição, 2002.
  • Artigos relacionados ao tema.

 

 

 

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